Лямбда штамм коронавируса что это такое
В ритме штамма: что известно о «Лямбда»-варианте коронавируса
Высокопатогенный «Лямбда»-штамм коронавируса уже выявили в Аргентине, Чили, Австралии, Бразилии, Эквадоре, Германии, Испании, Великобритании и США. Впервые этот вариант SARS-CoV-2 обнаружили перуанские ученые в августе 2020 года. С тех пор он значительно распространился по Южной Америке. Ученые из этого региона пишут, что критическая ситуация в системе здравоохранения и рост смертности связаны с растущей распространенностью именно варианта «Лямбда». У этого штамма есть мутации в шипе коронавируса, которые обычно связывают с более эффективным проникновением в клетки и способностью «уходить» от антител.
Латиноамериканский мотив
В Россию недавно проникли штаммы коронавируса «Дельта» и «Дельта плюс», которые специалисты оценили как более патогенные: для заражения COVID-19 нужно меньшее количество вирусных частиц. Такие варианты могли появиться только в месте, где много зараженных, то есть вирус способен пройти эволюционный отбор на большом количестве болеющих людей. Такая ситуация наблюдается в Индии, которая сейчас на втором месте в мире по числу инфицированных.
Есть еще один огромный резервуар, где вирус может эффективно эволюционировать, — Бразилия (на третьем месте по количеству зараженных) и другие страны Латинской Америки: Аргентина (8-е место), Колумбия (10-е), Перу (18-е), Чили (22-е). В этом регионе возник штамм «Лямбда». ВОЗ присвоила такое название этому варианту коронавируса 15 июня. Организация обозначила этот штамм как Variants of Interest (VOI) — вызывающий интерес. Вскоре ВОЗ может переквалифицировать его в вызывающий беспокойство (Variant of Concern, VOC), считают специалисты диагностической лаборатории SARS-CoV-2 клинической больницы Порту-Алегри (Риу-Гранди-ду-Сул, Бразилия). Об этом ученые написали в научной статье «Первое выявление варианта SARS-CoV-2 Lambda (C.37) в южной части Бразилии».
Сейчас этот штамм обнаружен уже в 26 странах мира, в том числе в Аргентине, Чили, Австралии, Бразилии, Эквадоре, Германии, Испании, Великобритании и США. Это подтверждается и в статье перуанских ученых. Аргентинские ученые обращают внимание на абсолютную уникальность «Лямбды»: «Сочетание мутаций, характерных для вариантов «Бета» (южноафриканский штамм) и «Дельта» (индийский штамм), не обнаружено».
Бразильские генетики обратили внимание на новую мутацию S-белка в этом варианте: Δ246-252. Ее опасность пока не оценена. Перуанские ученые также выражают беспокойство по поводу этой мутации. Они написали, что другие мутации в белке-шипе коронавируса связаны с распространенными инфекциями у пациентов с подавленным иммунитетом.
— Пока не представляется возможным сказать, к каким именно изменениям приведет эта мутация, — сказал «Известиям» руководитель лаборатории геномной инженерии МФТИ Павел Волчков. — Но любая мутация в RBD-домене (рецептор-связывающий домен, который отвечает за соединение коронавируса с клеткой организма человека. — «Известия») обычно приводит к улучшению возможности проникновения в клетку и ускользания от антител. Но это еще требуется доказать с помощью дополнительных экспериментов.
Вооружен и очень опасен
Бразильские специалисты обратили внимание на способность «Лямбда»-штамма к более быстрому распространению и пониженной чувствительности к нейтрализации антителами. Это может значительно повлиять на эффективность стратегий борьбы с пандемией COVID-19, написали они.
Аргентинские специалисты описали ситуацию, когда у них на глазах андский вариант (как они называют «Лямбда»-коронавирус) начал побеждать британский.
«На данный момент из в общей сложности 2238 образцов, проанализированных посредством активного наблюдения с помощью секвенирования Spike или всего генома, наиболее обнаруженными вариантами были линия C.37 (андский вариант)», — сообщили ученые.
У штамма «Лямбда» множество мутаций, сказал «Известиям» профессор кафедры геномики и биоинформатики СФУ, профессор Геттингенского университета Константин Крутовский.
— Для нового варианта «Лямбда» характерна делеция в гене ORF1a — Δ3675-3677, приводящая к выпадению трех аминокислот. Этот ген кодирует несколько важных для вируса белков. Эта делеция присутствует также в «Альфа» (британский вариант), «Дельта» (южно-африканский) и «Гамма» (другой бразильский) штаммах с повышенной инфекционностью и классифицируемых ВОЗ как варианты, вызывающие озабоченность.
По словам Константина Крутовского, у штамма «Лямбда» есть новая делеция Δ246-252, приводящая к выпадению семи аминокислот, и множественные значимые мутации в гене шипа. Последние вызывают замены аминокислот в шиповидном белке, ответственном за связывание вируса с рецепторами на поверхности клеток человека. Это в дополнение к 19 другим мутациям, подчеркнул эксперт. Изменения L452Q и F490S находятся в самом важном районе шиповидного белка — рецептор-связывающем домене (RBD). Кроме того, было показано, что мутация F490S связана с пониженной чувствительностью к нейтрализации антител.
Но пока неизвестно, является ли вариант «Лямбда» более инфекционным или патогенным, чем другие штаммы, и способен ли он избегать действия доступных вакцин, отметил Константин Крутовский.
— «Лямбды» можно было бы опасаться, если бы не «Дельта». Их противоборство можно было бы увидеть, если есть страны, где представлен и тот, и другой вариант SARS-CoV-2. Судя по базе, эти штаммы встречаются в некоторых европейских странах. Но, если судить по тому, насколько быстро сейчас распространяется вариант «Дельта», он посильней, — высказал мнение Павел Волчков.
Все-таки лидером по производству новых штаммов остается Индия, хотя страны Южной Америки вполне могут с ней поконкурировать, заключил эксперт.
Японские ученые описали уникальную мутацию штамма коронавируса «лямбда»
Штамм коронавируса Sars-CoV-2 «лямбда» обладает повышенной устойчивостью к иммунитету человека и более заразен. Об этом в препринте исследования сообщили несколько японских молекулярных биологов во главе с доцентом Токийского университета Кеем Сато, передает ресурс bioRxiv.
«Нам удалось показать, что мутации, характерные для этой вариации SARS-CoV-2, защищают вирус от действия антител и делают при этом его более заразным», — говорится в тексте.
Сейчас «лямбда»-штамм активно распространяется в Южной Америке. Откуда он появился – пока неизвестно, но возник он летом 2020 года. До начала распространения индийского штамма «дельта» именно «лямбда»-штамм был самым «популярным» в Перу, на него же приходилось до трети новых заражений в Чили и Аргентине.
В геноме штамма «лямбда», предположительно, присутствует сразу восемь мутаций. Он умеет столь же активно заражать клетки, как и индийский штамм, значительно превосходя британский, южноафриканский и китайский варианты коронавируса.
В ходе опытов исследователи из Японии выяснили, что повышенная заразность «лямбды» связана с изменением характера сцепления коронавируса с клеточным рецептором ACE2.
При этом для нейтрализации штамма требуется примерно в полтора раза больше антител, чем для других вариаций. Это связано с удалением существенной части генома коронавируса, изменением кодирования региона оболочки вируса, куда крепится S-белок, отвечающий за его проникновение в клетку тела.
В тексте указывается, что данная мутация уникальна – ранее она не встречалась ни у одного из описанных штаммов.
Как отмечает агентство ТАСС, препринт научной статьи пока не рецензировали, редакторы научных журналов ее тоже еще не проверяли.
Скоро в России
«Лямбда»-штамм рано или поздно начнет распространяться по России — границы с популярными среди туристов странами открыты, поэтому риски проникновения нового варианта коронавируса возрастают. Об этом «Газете.Ru» ранее сообщала врач-инфекционист Светлана Ищенко.
«Из-за туризма постоянно идет смена территории распространения вируса. Соответственно, он меняет свои патогенные свойства. Покидая территорию, он идет на другую территорию, где население еще не подготовлено», — сказала медик.
С ней согласен врач-инфекционист Евгений Тимаков. По его мнению, для сдерживания распространения нового штамма необходимо вводить ограничения на полеты в страны с высокой заболеваемостью.
«Насколько скоро «лямбда»-штамм придет в Россию, зависит от наших туристических потоков. Все, что есть в мире – будет и в России. Например, мы открыли Турцию – а там рост заболеваемости. Другие туристические страны тоже открыты. Как ситуация будет развиваться, неизвестно. Но, наверное, необходимо пересмотреть ограничительные меры», — сказал медик «Газете.Ru».
Данная мутация пока недостаточно изучена, подчеркнула заведующая лабораторией этиологии и эпидемиологии гриппа Федерального научно-исследовательского Центра эпидемиологии и микробиологии им. Гамалеи Елена Бурцева.
«Прогнозировать что-либо крайне рано: необходимо осуществлять непрерывный мониторинг проявлений вируса. Пока неизвестно, насколько он распространится в России, насколько будет защищать от него вакцина», — пояснила она «Газете.Ru».
Остановить распространение новой мутации поможет вакцинация. Хотя проявления нового штамма пока не изучены, антитела в любом случае помогут быстрее справиться с болезнью. «Сейчас как никогда нужно вакцинироваться и создавать иммунную прослойку. Вакцинация всегда останавливала эпидемии. И если в организме создаются защитные антитела, они на 100% не будут защищать организм, но при встрече с возбудителем болезнь будет протекать легче», — заключила Ищенко.
Пять новых штаммов коронавируса: чем опасны и чего от них ждать?
Гид по новым вариантам (штаммам) вируса, вызывающего COVID-19 и генетическим изменениям, которые могут сделать его более контагиозным и неуловимым для иммунной системы.
Когда прошлой зимой коронавирус SARS-CoV-2 ворвался в мир, ученым стало ясно, что дело плохо, но они посчитали, что вирус, по крайней мере, стабилен. Коронавирусы не мутируют так быстро, как, например, вирусы гриппа, гепатита или ВИЧ, — отчасти благодаря системе молекулярного редактирования, которую SARS-CoV-2 и родственные ему вирусы используют для предотвращения злокачественных генетических ошибок при репликации.
Но ученые были правы лишь наполовину. Вирус и правда не принес ничего хорошего — но оказалось, что и стабильностью он не отличается. С тех пор, как SARS-CoV-2 «перепрыгнул» с животных на людей, он накапливал незначительные случайные мутации: как однобуквенные «опечатки» в генетической последовательности вируса, так и вставки или выпадение более длинных фрагментов вирусной РНК. Большинство мутаций либо убивают вирус, либо никак не меняют его строение и поведение.
Но недавно было обнаружено несколько новых штаммов оригинального вируса (его также называют «вирусом дикого типа»), мутации которых, похоже, сильно влияют на его свойства, в том числе на контагиозность. Эти штаммы были обнаружены один за другим в разных географических регионах (Великобритания, ЮАР, Бразилия) и в некоторых случаях стали доминировать над штаммами, распространенными в этих регионах ранее. Одновременное появление сразу нескольких штаммов в поле зрения ученых частично объясняется улучшением технологий мониторинга случаев заражения и увеличением объемов секвенирования вирусов. Однако схожесть паттернов мутаций в новых штаммах может указывать на то, что эти изменения не случайны.
«Мы видим, как похожие мутации появляются в разных местах, — говорит Адам Лоринг, вирусолог из Мичиганского университета. — Это наводит на размышления о том, что они для чего-то нужны».
Пока что известно, что эти мутации помогают вирусу легче передаваться от человека к человеку и оставаться незамеченным иммунной системой. В январе ученые впервые сообщили, что антитела людей, переболевших COVID-19, не полностью нейтрализуют штамм вируса, обнаруженный в ЮАР. Кроме того, похоже, несколько человек, перенесших COVID-19, повторно заразились мутантным штаммом.
По последним данным, вакцины, производимые компаниями Moderna и Pfizer, скорее всего, защищают и от новых штаммов коронавируса. Разработчики «Спутника V» также заявили о его эффективности против мутировавшего вируса. Эффективность вакцин этих производителей превышает 90 %, поэтому, по мнению экспертов, даже при небольшом снижении этой цифры их все равно стоит использовать.
«Я рад, что это не лишает смысла [использование вакцин от COVID-19], но, очевидно, требует пристального внимания», — говорит Лоринг. Он добавляет, что на протяжении следующих лет компаниям, возможно, придется изменить эти вакцины и начать вводить пациентам новые их версии — подобно тому, как каждый год меняют вакцины от гриппа. Большинство вакцин вызывают намного более сильный иммунный ответ, чем естественное заражение вирусом. Во время клинических испытаний своей вакцины компания Moderna показала, что антитела, вырабатываемые после вакцинации, остаются в организме дольше, чем антитела, вырабатываемые при естественном заражении SARS-CoV-2.
по теме
Эпидемия
Вакцины, антитела, антигены. Гид по иммунологии для чайников
Ниже перечислены пять наиболее значимых штаммов коронавируса в порядке обнаружения учеными. В списке указано место первого выявления каждого из них и официальные названия штаммов или обозначения, используемые исследователями. (Разные группы исследователей используют разные способы обозначения штаммов, что вызвало путаницу. В этом списке использованы наименования, основанные на филогенетическом происхождении штаммов, но некоторые варианты вируса все равно имеют больше одного названия). Также здесь приведены важные мутации каждого штамма (названия мутаций состоят из букв и цифр, обозначающих позицию мутации в геноме вируса) и известная информация о том, что эти мутации делают.
Испания
Штамм 20A.EU1, впервые выделенный в Испании, содержит мутацию A222V в последовательности белка шипа. Шип — структура вируса SARS-CoV-2, которая связывается с рецепторами клеток ACE2 человека, помогая вирусу проникать внутрь этих клеток при заражении. Кроме того, именно с шипами связываются антитела человека, вырабатываемые для иммунного ответа на инфекцию. Лабораторные исследования показали, что человеческие антитела немного менее эффективно нейтрализуют вирусы с мутацией A222V. За несколько месяцев штамм 20A.EU1 стал доминирующим в Европе. Тем не менее эпидемиологи не наблюдали доказательств того, что этот штамм быстрее передается от человека к человеку, чем оригинальный вирус. Исследователи считают, что штамм, который на тот момент доминировал в Испании, распространился по всему континенту, когда в Европе начали ослаблять ограничения на перемещение.
Великобритания
Британские ученые наблюдали за штаммом B.1.1.7 некоторое время, прежде чем объявили в декабре, что он может передаваться как минимум на 50 % активнее, чем вирус дикого типа. Это заявление было основано на эпидемиологических данных, указывающих, что вирус нового штамма быстро распространяется среди населения, и привело к запретам на пересечение границ и усилению карантинных мер в Великобритании.
Штамм B.1.1.7 содержит 17 мутаций, некоторые из них затрагивают белок шипа. Было обнаружено, что одна из этих мутаций, N501Y, помогает вирусу прочнее связываться с рецепторами клеток ACE2. Однако пока неясно, обусловлена ли повышенная контагиозность данного штамма только этой мутацией или еще какими-либо изменениями структуры шипа.
Несмотря на первоначальное беспокойство, не было найдено подтверждений тому, что этот штамм более заразен для детей в сравнении с оригинальным, говорит Шерон Пикок, исполнительный директор Консорциума Великобритании по геномике COVID-19 (COG-UK), группы, анализирующей генетические изменения вируса. И Pfizer, и Moderna считают, что их вакцины от COVID-19 будут работать и против штамма B.1.1.7. Недавние данные из Великобритании указывают на то, что новый штамм может быть более летален по сравнению с диким типом, но это пока только предварительные результаты.
Штамм B.1.1.7 выделяется на фоне других, потому что он накопил так много мутаций. Лоринг и другие исследователи полагают, что эти мутации могли возникнуть при длительном заражении одного пациента с ослабленным иммунитетом, из-за чего организм пациента не мог побороть вирус. По словам Скотта Вивера, микробиолога из медицинского подразделения Техасского университета в Галвестоне, возможно, только некоторые из этих генетических изменений дали штамму эволюционное преимущество и позволили ему быстро распространиться по Великобритании. Остальные мутации просто остались в геноме за компанию.
Штамм B.1.351 появился в поле зрения ученых примерно в то же время, что и британский B.1.1.7. B.1.351 быстро распространился и стал доминантным вариантом вируса в ЮАР. Как и европейский штамм, B.1.351 содержит мутацию N501Y, хотя данные указывают, что два этих штамма возникли независимо друг от друга. Но ученых больше беспокоит другая мутация в африканском штамме, обозначаемая E484K. Это изменение в геноме, возможно, помогает вирусу избегать иммунного ответа и действия вакцин.
Эволюционный биолог и биоинформатик из Онкологического исследовательского центра Фреда Хатчинсона в Сиэтле Джесс Блум с командой с помощью клеток дрожжей создали серию вирусных белков-шипов, содержащих практически все из более 3800 возможных изменений в структуре, которые могут быть вызваны генетическими мутациями. Затем исследователи протестировали, насколько хорошо антитела связывались с каждым из этих видоизмененных шипов. Они обнаружили, что в результате мутации E484K и других похожих мутаций в этом конкретном участке белка антитела некоторых людей в 10 раз хуже связывались с шипами коронавируса. Команда Блума также показала, что некоторые коктейли из антител (подобные коктейли в настоящий момент тестируют фармацевтические и биотехнологические компании Regeneron и Eli Lilly) могут быть менее эффективными при наличии мутаций, которые имеются в штамме B.1.351.
В конце января ученые из ЮАР опубликовали препринт (научная статья, которая еще не прошла независимую рецензию), в котором показали, что сыворотка крови пациентов с COVID-19, содержащая антитела, значительно менее эффективно могла нейтрализовать новый штамм. В другом препринте, опубликованном 26 января, ученые сообщают, что они добавили вирус B.1.351 в сыворотку крови, взятую у людей, которым ранее ввели вакцину производства Pfizer или Moderna. В результате антитела в такой сыворотке проявляли сниженную нейтрализующую активность по отношению к мутантному вирусу в сравнении с вирусом дикого типа.
Однако антитела в пробирке — не то же самое, что вакцина в организме живого человека. В результате применения любой из упомянутых вакцин организм производит столько антител, что даже при сниженной активности их может быть достаточно для нейтрализации вируса. Вакцины также запускают работу других защитных механизмов иммунной системы. Тем не менее Moderna начала разработку бустерной вакцины, специфичной по отношению к новым штаммам.
Бразилия
В январе ученые сообщили об обнаружении двух новых вариантов коронавируса в Бразилии, происходящих от общего предка. Но хотя у этих двух штаммов есть общие мутации с вариантами, обнаруженными в других регионах, по всей вероятности, они возникли независимо.
Из этих двух штаммов ученых больше беспокоит P.1. Он содержит больше мутаций, чем Р.2 (хотя оба штамма имеют мутацию E484K), и уже был обнаружен в Японии и других странах. Возможно, Р.1 накопил свои мутации в организме пациента с ослабленным иммунитетом. Но генетик Эмма Ходкрофт из Бернского университета в Швейцарии говорит, что в этом случае может быть сложнее определить точное время и место возникновения штамма, поскольку в Бразилии секвенируют гораздо меньше образцов вируса, чем в Великобритании.
Ходкрофт отмечает, что в 2020 году и в Бразилии, и в ЮАР были крупные вспышки COVID-19. При таком большом количестве зараженных людей, вырабатывающих антитела к вирусу, штамм, способный избегать распознавания иммунной системой и повторно заражать уже переболевших людей, мог иметь значительное преимущество и широко распространиться в популяции.
Распространение и изменение вирусов
Хотя кажущееся внезапным появление нескольких вариантов белка шипа является причиной для беспокойства, по словам исследователей, пока нет доказательств, что коронавирус претерпел какие-либо принципиальные изменения, позволяющие ему мутировать быстрее. По мнению Лоринга, более вероятно, что большое число заражений COVID-19 по всему миру предоставляет вирусу множество возможностей для постепенных небольших изменений. Каждый зараженный человек — это, по сути, дополнительный шанс для возникновения нового штамма SARS-CoV-2. «Это имеет отношение к эволюции, но в первую очередь — это вопрос эпидемиологии», — говорит Лоринг. В целом «вирус совершенствуется в своей роли».
Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) выделила шестой штамм коронавируса SARS-CoV-2, назвав его «лямбда». Он особенно распространён в Южной Америке и впервые был идентифицирован в прошлом году в Перу.
Новый штамм коронавируса SARS-CoV-2
Согласно Euronews, «лямбда» была обнаружена как минимум в 27 странах. На данный момент специалисты ВОЗ отнесли лямбда-версию к «вызывающей интерес», а это значит, что пока нет повода для особенного беспокойства.
Данные, опубликованные Панамериканской организацией здравоохранения (ПАОЗ), показывают, что вариант лямбда был обнаружен в Перу в 82% лабораторных проб, зарегистрированных в мае и июне. Региональный советник ПАОЗ по новым вирусным заболеваниям Хайро Мендес заявил в конце июня, что штамм вируса был обнаружен в восьми странах Латинской Америки и Карибского бассейна, но «спорадически» присутствовал в большинстве стран региона.
Что говорят перуанские учёные о штамме лямбда
В Перу утверждают, что вариант лямбда (C.37) был впервые зарегистрирован в Лиме в декабре 2020 года, а с апреля этого года почти все коронавирусные инфекции в стране вызваны им. Вариант лямбда, или андский штамм, имеет критические мутации в спайковом (S) белке, пишет gestion.pe.
С увеличением заражений «лямбдой» другие штаммы SARS-CoV-2 со временем снижали своё присутствие. За последние четыре месяца вариант альфа составлял 0,5% заражений населения Перу, а вариант гамма — 1,2%.
Как поясняют авторы исследования, опубликованном в medRxiv:
«Распространение C.37 произошло в Южной Америке в присутствии сотен циркулирующих штаммов и альфа- и гамма-летучих органических соединений, что предполагает более высокую трансмиссивность этого штамма. Однако необходимы дополнительные эпидемиологические данные и анализ для оценки его передачи, вирулентности и свойств ускользания иммунитета».
Лямбда-вариант завоёвывает мир
В Чили и Аргентине наблюдается рост случаев COVID-19, связанных с лямбда-вариантом. По состоянию на апрель 2021 года этот штамм составлял 33% геномных последовательностей коронавируса в Чили и 12% геномных последовательностей коронавируса в Аргентине.
В Бразилии вариант лямбда был обнаружен в феврале прошлого года в Сан-Паулу. Специалисты Клинической больницы Порту-Алегри обнаружили восемь определяющих мутаций этого варианта в дополнение к 19 мутациям, уже описанным для других членов этой линии.
2 июля власти Великобритании сообщили, что подтверждено восемь случаев заражения «лямбдой», все в Англии. Эти пациенты часто выезжали за границу. По словам британцев, этот вариант имеет «потенциально повышенную трансмиссивность или возможную повышенную устойчивость к нейтрализующим антителам».
В испанском автономном сообществе Кантабрия недавно подтвердили три случая инфицирования лямбда-вариантом и изучают ещё 180 возможных эпизодов.
Более заразный
Вариант лямбда в упомянутом исследовании перуанцев проявил себя как более заразный вариант, чем альфа и гамма.
Исследователи использовали образцы плазмы от медицинских работников из Сантьяго, Чили, которые получили две дозы вакцины Sinovac COVID-19, чтобы сравнить эффективность вакцины против нового варианта по сравнению с тем, как она отреагировала на самые старые штаммы.
Они пришли к выводу, что мутации, присутствующие в спайковом белке варианта лямбда, значительно снижают эффективность вакцины по сравнению с вариантами альфа и гамма, хотя сравнения между вариантами лямбда и дельта не проводилось.
Симптомы «лямбда-ковида»
На данный момент выявленные симптомы варианта лямбда не отличаются от большинства других линий, вызывающих COVID-19. Среди них:
ВОЗ решила не обозначать разные штаммы COVID-19 названиями стран, где их обнаружили в первый раз. С этого момента учёные будут использовать буквы греческого алфавита…
В настоящий момент мир, в том числе и Россия, ведёт борьбу с вариантом дельта, который, по мнению специалистов ВОЗ, будет доминировать до августа.
Вариант дельта — самый заразный из обнаруженных до сих пор штаммов, с большей «способностью» цепляться и проникать в клетки, что определяет больший потенциал для возникновения эпидемий. Специалисты отмечают, что для обеспечения глобального иммунитета необходимо вакцинировать 70% населения.
Читайте по теме:
Добавьте «Правду.Ру» в свои источники в Яндекс.Новости или News.Google, либо Яндекс.Дзен
Быстрые новости в Telegram-канале Правды.Ру. Не забудьте подписаться, чтоб быть в курсе событий.